Masako Honda est née au Japon où elle a obtenu une licence en histoire de l'Europe occidentale. In België elle a obtenu le diplôme de maître d'orgue auprès de Joris Verdin au Koninklijk Vlaams Muziekconservatorium à Anvers. Actuellement, elle est organiste à l'église Saint-Laurent à Anvers et à l'église des Dominicains à Bruxelles. Sur l'orgue de chœur historique de la Sint-Niklaaskerk à Neerpelt, elle apporte Masako Duitse et de la musique flamande, avec des œuvres de Bach, Buxtehude, Krebs, Van den Kerckhoven, Vander Borght, Van Ingelgem.