Masako Honda è nata in Giappone dove si è laureata come licenziata in storia dell'Europa occidentale. In België ha conseguito il master in organo presso Joris Verdin al Koninklijk Vlaams Muziekconservatorium di Anversa. Attualmente è organista presso la chiesa di Sint-Laurentius ad Anversa e la chiesa dei Domenicani a Bruxelles. Sullo storico organo del coro del Sint-Niklaaskerk a Neerpelt porta Masako Duitse e musica fiamminga, con opere di Bach, Buxtehude, Krebs, Van den Kerckhoven, Vander Borght, Van Ingelgem.