Quand Toen Nemo était petit, il a perdu sa mère et ses frères à cause d'un poisson qui les a attaqués. Son père Marlin jure qu'il ne lui arrivera jamais rien. Le premier jour d'école de Maar Nemo, il est capturé par des plongeurs. Marlin commence, avec Dory, qui a des trous de mémoire, un voyage aventureux à travers l'océan pour sauver son fils. Pendant ce temps, Nemo imagine lui-même des plans pour rentrer chez lui en toute sécurité.