Der zwölfjährige Nanning wohnt auf einer idyllischen Watteninsel. Er jagt Robben, fischt und hilft auf dem Bauernhof seiner Familie. Das Leben scheint schön und friedlich, aber in Berlin befindet sich das Derde Rijk im Verfall. Ook Nannings Leben beginnt langsam komplexer zu wirken, als es jemals war.
„Amrum, 1945“ unterscheidet sich von anderen Kriegsfilmen durch die Sorgfalt, mit der die kindliche Unschuld von Nanning den nazistischen Überzeugungen seiner Eltern gegenübergestellt wird - seine Mutter ist eine begeisterte Anhängerin des Naziregimes und sein Vater dient als SS-Offizier.