De twaalfjarige Nanning woont op een idyllisch Waddeneiland. Hij jaagt op zeehonden, vist en helpt op de boerderij van zijn familie. Het leven lijkt mooi en vredig, maar in Berlijn verkeert het Derde Rijk in verval. Ook Nannings leven begint langzaam complexer aan te voelen dan het ooit was.
‘Amrum, 1945’ onderscheidt zich van andere oorlogsfilms door de zorgvuldigheid waarmee de kinderlijke onschuld van Nanning wordt afgezet tegen de nazistische overtuigingen van zijn ouders - zijn moeder is een fervent aanhanger van het naziregime en zijn vader dient als SS-officier.