Après le ravage de Na Godzilla, Kōichi Shikishima est bien décidé à mener une vie paisible, à reconstruire sa famille avec Noriko et la jeune Akiko, tout en s'éloignant des cauchemars de la guerre et des monstres. Cependant, la paix est de courte durée lorsque Godzilla fait son retour – entièrement régénéré, plus grand et plus féroce – alors que quelque chose d'ancien commence à s'agiter sous Aokigahara près du mont Fuji. Cela met en péril la fragile nation et oblige Kōichi à reconsidérer sa promesse.