La guerra ha ridotto il Giappone a zero, e Godzilla lo ha fatto precipitare al di sotto di zero. Sono trascorsi due anni da allora, durante i quali il Paese ha condotto una lotta dolorosa per ricostruirsi e ritrovare finalmente una vita normale. Quando l'umanità era riuscita a preservare una pace conquistata a caro prezzo, una nuova minaccia emerge e annienta ogni speranza in un istante. Non ci sarà una terza volta. Tutto finisce qui.