Der Krieg hat Japan auf Null reduziert, und Godzilla hat es unter Null gestürzt. Zwei Jahre sind seither vergangen, in denen das Land einen schmerzhaften Kampf geführt hat, um sich wiederaufzubauen und endlich ein normales Leben wiederzufinden. Während es der Menschheit gelungen war, einen teuer erkauften Frieden zu wahren, taucht eine neue Bedrohung auf und vernichtet jede Hoffnung in einem Augenblick. Es wird kein drittes Mal geben. Hier endet alles.