Після подій попереднього фільму лиходій Боузер у крихітному форматі утримується Маріо та його братом Луїджі. Зі своєї в'язниці він, однак, все ще співає і тужить за принцесою Піч і ледве контролює свій гнів. Крім того, Bowser Jr., його маніакальний син, на стежці війни. Він хоче повернути свого батька і повинен змагатися з братами-водопровідниками. Тим часом далі також загрожує гарне життя принцеси Розаліни.