Після подій попереднього фільму лиходій Боузер у крихітному розмірі утримується Маріо та його братом Луїджі. Однак зі своєї в'язниці він все ще співає і тужить за принцесою Піч, і йому важко стримати свій гнів. Крім того, Bowser Jr, його маніакальний син, на стежці війни. Він хоче повернути свого батька і повинен протистояти братам-водопровідникам. Тим часом неподалік під загрозою опиняється і хороше життя принцеси Розаліни.